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设置短信拦截，对方是否会知道取决于具体的拦截方式和工具。一般来说，手机自带的拦截功能或者一些常用的拦截软件，如运营商提供的拦截服务，对方是不会知道短信被拦截的。因为这些工具只是针对接收方的手机进行操作，不会通知发送方。但也有一些特殊的拦截工具或软件可能会有通知发送方的功能，这种情况下对方可能会知道短信被拦截。
如果你直接告诉对方你设置了拦截其短信的功能，那么对方自然会知道，是否让对方知道短信被拦截取决于你的选择和使用的工具，建议根据实际情况选择合适的拦截方式和工具，同时注意保护个人隐私和信息安全。